司马懿乘机上奏郭太后，请废曹爽兄弟。
当时，司马师为中护军，率兵屯司马门，控制京都。
司马懿列阵，经过曹爽门前，曹爽部将严世登楼，引弩欲射司马懿，
孙谦拉着他的胳膊阻止他说：“事情的真相还不可知。
三次想要射箭三次被制止，孙谦皆按住严世之肘使之不能射出。”
大司农桓范出城去投曹爽，蒋济担心道：“智囊往矣。”
司马懿则说：“范则智矣，驽马恋栈豆，爽必不能用也。”
司马懿召司徒高柔假节行大将军事，管领曹爽军营，
对他说：“君为周勃矣。”召太仆王观行中领军事，统摄曹羲军营。
]司马懿自率太尉蒋济等勒兵出迎天子，驻扎在洛水浮桥。
派人上奏章给皇帝陈述曹爽之罪。
曹爽扣住奏章，把曹芳留在伊水之南，征发屯兵数千人以自守。
桓范劝曹爽挟持皇帝到许昌去，发文书征调天下兵马勤王。
曹爽果然疑惑，不从其计。反而夜遣侍中许允、尚书陈泰去见司马懿，探听动静。
司马懿乘机数说曹爽的过失，让他早来服罪。
接着又派曹爽的亲信殿中校尉尹大目去对他说，朝廷只是免他的官职，并以洛水为誓。
同时，他还让蒋济写信给曹爽，称自己只是想将他们免官，
劝告他尽早交出权力投降，可以保他们爵位富贵。
曹爽欲信其言，桓范等人从晚上一直劝到第二天黎明。
曹爽说：“司马懿正当欲夺吾权耳。吾得以侯还第，不失为富家翁。”
桓范哭说：“曹子丹佳人，生汝兄弟，犊耳！何图今日坐汝等族灭矣。”
于是，曹爽请免职，随曹芳回京。曹爽兄弟一回府，即被司马懿派兵包围。
曾与曹爽兄弟交情甚密的黄门张当在司马懿的严刑拷问之下，
只得供称曹爽和何晏等人意图谋反。以谋反的罪名杀曹爽及其党羽何晏、
丁谧、邓飏、毕轨、李胜、桓范等，并灭三族；
但对曹爽门下的二流人物，司马懿特别宽大处理，如鲁芝，辛敞，王沈等人，
后来还有人成为晋朝新贵。
嘉平元年（249年）二月，曹芳任命司马懿为丞相，司马懿固辞丞相之职不受。
十二月，诏命加九锡之礼，朝会不拜，司马懿又固辞九锡。
嘉平二年（250年）正月，曹芳命司马懿在洛阳立庙。
司马懿久病，不任朝请，每遇大事，天子亲自到他府中去征询意见。
司马懿诛曹爽，导致曾为曹爽笼络升为车骑将军、开府仪同三司，
后又升为司空的王凌心生不满，与外甥令狐愚图谋废黜曹芳，立楚王曹彪为皇帝。
还未行动，令狐愚便已死亡。
嘉平三年（251年）正月，王凌借口吴人塞涂水，请求出兵征讨。
司马懿知其阴谋，不令兴兵。并于四月亲率中军讨伐王凌。
司马懿故技重施，先下赦书赦免王凌之罪，写信安慰他，但不久大军突至。
王凌自知势穷，便独自乘船迎接，派属官王或请罪，送上印绶、节钺。
司马懿军到武丘，王凌在水边自缚等待，说：“我如有罪，公可用半片竹简召回，
何苦亲自来呢？”司马懿说：“因为君非折简之客啊！”
说罢，命将领率六百人马想把王凌解送洛阳。途经贾逵的寺庙，王凌大声呼庙。
五月甲寅日（6月15日），王凌到项城，绝望，服毒而死。
司马懿进军寿春，参与王凌之谋的人都出来自首。
司马懿推知其事，凡牵连在内的一律诛灭三族。派人挖开王凌、令狐愚的坟墓，
在附近的市上，剖棺暴尸三天，然后，烧掉他们的印绶、官服埋于土中。
司马懿最终逼楚王曹彪自尽，并趁机把魏之王公全部拘捕，放置邺城，
命有司监察，不准他们互相交结往来。
曹芳策命司马懿为相国，封安平郡公，孙及兄子各一人为列侯，
前后食邑五万户，封侯者十九人。司马懿固辞相国、郡公之位不受。
嘉平三年（251年）六月，司马懿病重，梦见贾逵、王凌对自己作祟。
八月戊寅日（9月7日），司马懿在洛阳去世，享年七十三岁。
九月庚申日（10月19日），司马懿被葬于河阴首阳山，谥号文贞，
追封相国、郡公，司马孚秉承他的遗愿，辞让郡公和殊礼，遗命简葬，
作顾命三篇，敛以时服，不树不坟，不设明器。
谥号后改为文宣。但《三国志》和《晋书·文帝纪》均记载谥号为“宣文”，
故多以后者为准。十一月，有司奏请将各位已故功臣的灵位置于魏太祖庙中，
以配享祭祀，排位以生前担任的官职大小为序。
太傅司马懿因位高爵显，列为第一。
咸熙元年（264年），司马昭封晋王后，追封司马懿为宣王。
泰始元年（265年），司马昭之子晋武帝司马炎受魏禅，
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